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1900年，中国的庚子义和团运动引致八国联军武力干涉。1901年9月7日上午，清廷全权代表奕劻和李鸿章与11国代表，在最后协定书上签字，签下了将中华民族推入苦难的《辛丑条约》。
《辛丑条约》第六款议定，清政府赔偿俄、德、法、英、美、日、意、奥八国及比、荷、西、葡、瑞典和挪威六“受害国”的军费、损失费等款项本息合计982238150两白银，由1902年起至1940年止，分39年还清，以海关、常关及盐政各进款作抵押，按照条约所列办法及汇率，折合各国货币偿付，是为“庚子赔款”。其中俄国以出兵满洲，需费最多，故所得额最大，为1亿3037多万两。中国当时的人口大约45000多万人，庚子赔款每个中国人被摊派大约一两银子。庚子赔款，超过以前所有赔款之总和，至此，中国财政、经济全面破产。近代中国向帝国主义国家总共支付的战争“赔款”为16亿多两白银。在所有对中国发动侵略战争的国家中，日本掠夺中国的财产最多。
1901年签定的《辛丑条约》中规定，清政府向西方八国共赔款白银4亿5千万两，美国应得到其中的3200多万两，折合美金2400多万元。
1906年3月6日，美国传教士明恩溥在白宫向西奥多·罗斯福总统建议，用清朝政府的“庚子赔款”在中国兴学和资助中国学生来美国留学。在明恩溥等人推动之下，罗斯福总统向国会提出赞助中国教育的谘文，1908年5月25日由国会通过。
1908年，美国正式宣布退还“庚子赔款”的半数，计1160余万美元给中国，作为资助留美学生之用。为了开展派遣留美学生工作，清朝政府于1911年在北京开设了清华留美预备学校，1924年改名为“清华大学”。
1924年，美国国会通过决议，将其余的庚子赔款用于中国，成立“中国文教促进基金会”（或称“中国基金会”），掌管的金额为1254.5万美金，北洋政府任命了由10名中国人和5名美国人组成的托管董事会。其中的相当部分金额以奖学金的方式提供给清华大学。由于这样的一种特殊的经费来源和运作模式，清华从创建伊始，在诸多方面就已经具备了自己的一些特别的优势和办学条件，也因此而有别于国内的其他大学。这样的环境也给了梅贻琦治校在客观上奠定了一定的物质基础和提供了必要的办学条件。国外的历史学家评论道：“清华其成功的一大秘诀是，当其他院校求助于军阀政权不稳定的施舍时，清华的年度预算是有保障的。”⑷这种观点虽暗含夸大美国所起的作用之意，但基本还是公允的。
在中国科学院院士中，“清华人”几近三分之一。1949年掌管“清华基金”的杰出教育家梅贻琦先生到台湾后，又利用这笔款项创办了新竹清华大学。
由于清华的经费来源较为充裕，使其办学亦有相当的自主性，这些条件又对治校方面自然产生一些影响，促进了清华在学校的管理制度方面和运行机制上逐渐地形成一套独立的、具有清华自身特点的东西，并由此产生了一些特殊的体制和风格，乃至后来清华校风与学风的逐步形成，都与此有千丝万缕的内在联系。而这种特征较明显的反映出来的一个例证，即是20－30年代初期，清华大学出现的几次大规模的学校风潮。其中，清华校长多次易人，竟有十几任之多，甚至出现清华几年没有校长，由校务会议维持的尴尬局面。
“磨洋工”一词，一般指干活磨磨蹭蹭，或消极怠工。其实，最初人们说“磨洋工”并不包括这种意思。它本是建筑工程中的一道工序。原来，我国旧式房屋建筑，其考究者要求“磨砖对缝”。磨工，就是对砖墙的表面进行打磨，使之平整、光滑、美观。1917年至1921年，美国用清政府的庚子赔款在北京建协和医院和协和医学院。其建筑质量要求很高，外观上采用了中国传统的“磨砖对缝”。即磨工技术。由于这项工程是由外国人出资、设计、监督建造，中国人称为“洋工”。协和医院主楼14座，又是高层建筑，“磨工”工作浩繁而缓慢。当时参加建筑工程的许多工人就把这一工序改称为“磨洋工”，久之便演变成今天的这种意思。
美国用心良苦的教育计划，成效卓然。考取庚子赔款(胡适是第二批)而留美的中国学生，在后来的几十年间成了中国学术界最闪亮的明星，而他们的言传身教，又深深地影响了后来者。
到了30年代，美国已超过日本，成为中国留学生最多的国家。而同时，美国人在中国建立了12所教会大学，这其中包括赫赫有名的燕京大学。教会医院则出现了协和医院，洛克菲勒基金会则资助了中国学者们的农村调查与考古行动。
美国用腐朽的清王朝的“庚子赔款”的一小部分用来建造协和医院，以显示对中国人的“仁慈和恩惠”。协和医院的原址本是明朝嘉靖、万历年间的一个皇亲国戚的宅邸，后来成为清王朝的一个帅府。
未曾想到，当美国殖民者用先进的施工设备破土动工时，却意外地从地下几米处发现了大批的金银财宝。这些金银财宝的价值，足可以盖好几个“协和”呢。美国人又发了一笔横财！但是，由于房地产权已划归美国人所有，旧中国的官员只能捶胸顿足，眼看着大量的黄金白银外流！后来，美国政府由于战争，经济一度拮据，便把这个医院转手处理给了美国的石油大王——罗克菲尔石油财团。从此，“协和”成了一座名副其实的外国私人医院。
1926年初，英国国会通过退还中国庚子赔款议案（退款用于向英国选派留学生等教育项目），即派斯科塞尔来华制定该款使用细则。当时，胡适是“中英庚款顾问委员会”中方顾问。1917年俄国十月社会主义革命成功后，苏俄政府宣布放弃帝俄在中国的一切特权，包括退还庚子赔款中尚未付给的部分。俄国人在中国的特权也将取消,而所有这些的交换条件只有一个：北洋政府承认新生的苏维埃政权。1924年5月，两国签订《中俄协定》，其中规定退款用途，除偿付中国政府业经以俄款为抵押品的各项债务外，余数全用于中国教育事业，由中苏两国派员合组一基金委员会（俄国退还庚子赔款委员会）负责处理。
法国庚款退还余额总数为39.158万余法郎，折合美金为7.555万余元。此项余额总数，按照协定自1924年l2月1日起，至1947年止。逐年继续垫借中法实业银行，作为该行发行五厘美金公元担保。而中法实业银行即以此项美金债权，充作四项费用之用：1．换回远东债权人所持之无利债券；2．办理中法间教育及慈善事业；3．代缴中国政府未缴清之股本余额；4．拨还中国政府所欠中法实业银行贷款。
1920年初，李石曾与蔡元培、吴敬恒，利用庚子赔款，创办中法大学于北京。先生任董事长，蔡元培任校长。同年冬，蔡元培与先生再度赴法，与法国里昂市长赫礼欧(Herriot)，里昂大学医学院院长雷宾(Lepine)等，合作设立里昂中法大学协会，决定在里昂成立中法大学。
在美国的带领下各国纷纷退还赔款，用于中国教育和文化交流事业，唯有日本一分未还。